南龙王庙的建庙时间可以推算到明后期阿勒坦汗时代，康熙年间修庙，后又经过多次重修。曾存清康熙五年补修匾额，乾隆年间有正殿三门，东西禅房各五间，山门三间。原山门两旁有耳门，耳门旁有钟鼓楼，山门对面是戏台。可见当时规模之大。
南龙王庙的建筑布局和形式，与转龙藏龙泉寺多有相似之处，在历史上龙泉寺也称小龙王庙，是南龙王庙的属庙。2005年维修时重建了天王殿东小门及钟楼。
徐麦涵，1989年生于包头。13岁的某一天，放学路上，一道落日余辉照亮身边来往路人，让他突然对“什么是缘份”产生深厚兴趣，至此开始研习宗教。徐麦涵介绍，南龙王庙是包头目前唯一一所正一派宫观，也是包头唯一一所道教古宫观，是老包头最早的宗教活动庙宇之一。
2013年中国道教协会提出恢复申请，并委派出生包头的徐麦涵道长主持负责恢复工作。徐麦涵与道教协会有关人员一起来到这座庙宇进行前期筹备考察。徐麦涵回忆，因为2005年政府对庙宇进行过修膳，大殿顶沿斗拱也都进行过彩绘。建筑外观整体感觉还不错。但是进到院里，才发现，宫观里应该有的什么都没有。
